CCS|高原腦水腫中小膠質細胞蛋白質乳酰化的整體分析
本文轉自【Monitor Helix】公眾號
高原腦水腫 (HACE) 被認為是一種終末期急性高山病 (AMS),通常發生在快速上升到 2500 米及以上的人身上。雖然缺氧是 HACE 病理生理機制的基本特征,但新出現的證據表明,炎癥是該疾病發生和發展的關鍵危險因素。然而人們對它們串擾的分子機制知之甚少。
中國醫學科學院基礎醫學研究所在《Cell Communication and Signaling》期刊發布題為"Global profiling of protein lactylation in microglia in experimental high-altitude cerebral edema"的文章,通過乳酸化蛋白質組學分析揭示了小膠質細胞中蛋白質乳酸化的全面概況,并發現蛋白賴氨酸乳酸化在缺氧條件下參與炎癥反應。
•缺氧以乳酸依賴方式增加LPS誘導的小膠質細胞神經炎癥反應
•共鑒定到2253種蛋白質的8200個乳酸位點
•廣泛的乳酸化修飾位點可能在基因表達調控中發揮重要作用
•乳酸化優先發生在這些蛋白質復合物中,NuRD復合物乳酸化參與增加缺氧條件下的炎癥反應等
該論文插圖由格索普生物制圖團隊創作
研究背景
高原腦水腫(HACE)是一種嚴重的高海拔疾病,其特征是頭痛、共濟失調、疲勞和精神狀態改變,是由于高原地區空氣稀薄,導致腦部缺氧,從而引起的腦細胞損傷,導致腦水腫,若沒有及時的診斷或治療,可能導致昏迷和死亡。HACE被認為是終末期急性高原病(AMS),越來越多的研究表明炎癥在HACE發病機制中發揮著關鍵作用。作者先前的研究表明脂多糖(LPS)誘導的全身炎癥反應在急性低壓缺氧暴露后迅速加重腦水腫,并最終損害神經功能,然而,缺氧加劇LPS誘導的炎癥反應的確切機制仍不清楚。
越來越多的證據表明,乳酸化在炎癥反應、神經活動和癌癥進展中充當新型信號分子,有報道發現組蛋白的乳酸化可以直接驅動基因轉錄并影響小膠質細胞活化,缺氧誘導小膠質細胞中大量的乳酸化,并在視網膜新生血管形成中起關鍵作用,因此作者認為在缺氧期間檢查體內乳酸化模式并探索乳酸化蛋白在神經炎癥反應中的作用是重要的。
在該研究中,作者首先檢測了缺氧和乳酸對小膠質細胞神經炎癥反應的影響,并探討了缺氧對小膠質細胞內乳酸化修飾的誘導作用,然后進行了全蛋白質組學的乳酸化分析。此外還研究了乳酸化對蛋白質結構的影響。
技術手段
實驗材料:BV-2小膠質細胞
實驗方法:蛋白質組學、WB、qRT-PCR
主要結果
缺氧以乳酸依賴方式增加LPS誘導的小膠質細胞神經炎癥反應
作者構建了HACE小鼠模型,并通過磁性細胞分離分離原代CD 11b+小膠質細胞,檢測其體內乳酸和乳酸化水平的變化,發現低壓缺氧或LPS處理增加了海馬區的乳酸濃度,WB、免疫熒光染色及培養的細胞模型均表明在體內和體外缺氧可增加乳酸含量和蛋白質的乳酸化。為了探討蛋白質乳酸化與HACE進展之間的潛在相關性,檢測了皮質組織中泛乳酸化蛋白和HACE蛋白標志物的表達,發現在小鼠HACE模型中,蛋白質乳酸化與水腫進展之間存在一定的相關性。隨后通過敲低催化丙酮酸產生乳酸的酶LDHA,發現LPS/低氧誘導的細胞因子表達,q-PCR及WB的結果也表明,乳酸在缺氧條件下的神經炎癥反應中起著重要作用。
缺氧使乳酸濃度升高,促進乳酸化
缺氧和乳酸加重小膠質細胞介導的神經炎癥
賴氨酸-乳酸化位點和蛋白質的鑒定和分析
為了全面闡明缺氧誘導的蛋白質乳酸化,作者對BV-2細胞中進行了全蛋白質組的乳酸化分析。共鑒定到2253種蛋白質的8200個乳酸位點,與對照組相比,LPS和缺氧處理組的乳酸化位點數分別增加了52和820個。與LPS組相比,LPS/缺氧組中有702個上調的乳酰化位點。LPS/缺氧組和LPS組之間以及缺氧組和對照組之間的差異性乳酸化位點的重疊顯示474個賴氨酸位點被乳酸化。這些結果表明,缺氧可誘導大量的乳酸化。
BV-2細胞中乳酸化蛋白的蛋白質組學分析
乳酸化位點分析
由于缺氧可增加LPS刺激誘導的神經炎癥反應,因此對LPS/缺氧組和LPS組之間不同的乳酸化位點進行全面分析。在乳酰化蛋白質中,71%含有單個乳酰位點,14%含有兩個乳酰位點,并且百分比隨著每個蛋白質的乳酰位點數目的增加而降低。為了了解乳酰化位點的分布模式,評估了-10至+10乳酰化賴氨酸位點側翼氨基酸的存在。熱圖結果顯示,Kla周圍的某些氨基酸殘基強烈富集。賴氨酸殘基在− 10至-2、+1、+3和+5至+10位置富集。乳酰化蛋白大部分分布在細胞核內,這與上述免疫熒光染色結果一致,GO功能富集的細胞組分分析顯示,最富集的乳酸化蛋白質富集在NuRD復合物中;結構域分析顯示乳酸化賴氨酸位點主要位于鋅指結構域,這是轉錄調節因子的一個顯著特征,與之一致,KEGG途徑富集分析顯示,與基礎轉錄因子相關的乳酸化蛋白首先富集。這些數據表明,乳酸化蛋白可能在基因轉錄中起重要作用。
乳酸化肽和蛋白質的生信分析
蛋白質復合物的乳酸化
為了更好地理解由乳酸化調節的細胞過程,使用Cytoscape軟件組裝鑒定的乳酸化蛋白質的PPI網絡,發現一些蛋白質復合物,如NuRD復合物,核糖體生物合成復合物,剪接體復合物和DNA復制復合物,經歷了乳酸化,表明乳酸化優先發生在這些蛋白質復合物中。在乳酰化蛋白質復合物中,NuRD復合物是一種眾所周知的轉錄調節復合物。進一步的修飾位點分析顯示,在NuRD復合物的核心成員中,HDAC 1、MTA 1、MTA 3、MTA 2、MBD 2、MBD 3、Chd 4、Gatad 2 α、Ncor1、Ncor2和Sin3A均發生了乳酰化,共嵌入了62個乳酰化位點。這些結果表明,這種廣泛的乳酸化修飾位點可能在基因表達調控中發揮重要作用。
蛋白質-蛋白質相互作用 (PPI) 網絡分析
為了測試乳酰化是否影響蛋白質結構,作者對HDAC 1的乳酰化修飾前后的3-D構象建模。結果表明,低氧誘導的乳酸化可以影響蛋白質的結構,并參與蛋白質功能的調節。為了測試蛋白質乳酸化是否影響HDAC 1功能,作者用20 mM乳酸鹽處理細胞不同的時間段,發現盡管組蛋白H3的全乳酸化保持不變,但特定位點修飾,如Lys 9/Lys 14增加,表明HDAC 1活性被外源性乳酸鹽處理抑制。為了測試HDAC 1脫乳酸酶活性是否有助于細胞因子表達,使用HDAC 1選擇性抑制劑TSA,結果HDAC 1的抑制增加了細胞因子的表達。利用RNA干擾技術,作者進一步證實了NuRD復合物成員對神經炎癥反應的貢獻,HDAC 1、MTA或Gata 2b的敲低增加了TNF-α和IL-1β的表達,表明這些蛋白質在神經炎癥反應中起重要作用,因此NuRD復合物乳酸化參與增加缺氧條件下的炎癥反應。
乳酸化對NuRD復合物的影響
主要結果
總而言之,作者基于小鼠HACE模型,發現缺氧處理增加了純化的小膠質細胞中的乳酸含量和蛋白質乳酸化。小膠質細胞的蛋白質乳酰化的整體分析發現,大量賴氨酸-乳酸化蛋白是由缺氧誘導的,并優先出現在蛋白質復合物中,如 NuRD 復合物、核糖體生物合成復合物、剪接體復合物和 DNA 復制復合物等。進一步的分析發現敲低或選擇性抑制的實驗進一步分析表明,NuRD 復合物參與缺氧介導的炎癥加重,這些發現將提供新的見解缺氧誘導的神經炎癥加重的分子機制。
上海格索普生物科技有限公司致力于提供從科研到臨床的專業可視化解決方案,服務于高校、科研院所、醫院及企業的客戶。
我們的服務:科研繪圖 / SCI繪圖 / 信號通路圖 / 模式圖 / 學術海報 / 基金配圖 / 論文數據排版 / 醫學插畫 / 醫學漫畫 / 醫學動畫 / 標書作圖
2025-07-01 14:00:15